Bereits vor Durchführung der Güterregulierung gab es in den Gemeinden Metzerlen und Mariastein bereits Vorstösse zur Gründung einer Flurgenossenschaft, die die Durchführung der Arrondierungsvorhaben leiten sollte. Zustande kam diese jedoch erst nach 1989, da die Aussiedelung des Betriebes von Otto Dreier damals zwingend notwendig, aber aufgrund der veralteten, kleinstrukturierten Parzellen nicht optimal durchführbar war. Viele der Bewirtschaftungseinheiten befanden sich lauf Gesetz in einem «zusammenlegungsbedürftigen» Zustand und verursachten für die Landwirte hohe Kosten. Es war zudem teilweise nicht mehr klar, wem welche Parzellen gehörten, da bereits vorher Felder abgetauscht und durch andere Landwirte bewirtschaftet wurden. Diese Voraussetzungen führten schliesslich zur Gründung einer Flurgenossenschaft sowie der endgültigen Einleitung einer Güterregulierung 1991.
Die Berechnung der Tauschwerte des alten Besitzstandes erfolge auf Basis der alten Katasterpläne aus den Jahren um 1870 sowie der Bodenkartierung durch die eidgenössische Forschungsanstalt Zürich-Reckenholz und der Bonitierung durch die im Zuge der Flugenossenschaft ebenfalls gegründete Schätzungskomission. Eingeteilt wurden die Böden je nach Gründigkeit und der landwirtschaftlichen Nutzung in acht Fruchtbarkeitsstufen. Die Bonitierung erfolgte 1993.
Für die Neuzuteilung der Böden wurden die Wünsche und Interessen der Bewirtschafter/innen so gut wie möglich berücksichtigt und darauf geachtet, dass der neue Besitzstand der Landwirte/innen in etwa den gleichen Wert wie der alte aufwies. Von den entsprechenden Bodenwerten wurden jeweils 1.8 % abgezogen, um die nötigen baulichen sowie ökologischen Massnahmen durchzuführen, die im Rahmen der Güterregulierung durchgeführt werden sollten.
Nach der Neuzuteilung des Grundeigentums führte man mit Einverständnis der Eigentümer/innen und Pächter/innen eine Pachtlandarrondierung durch, um auch diese Strukturen rationeller zu gestalten und eine effizientere Bewirtschaftung zu ermöglichen. Im Gegensatz zum Grundeigentum konnte hier nur bedingt auf Wünsche der Pächterinnen und Pächter eingegangen werden, da einige Teile des Pachtlandes im Zuge der Neuzuteilung wieder durch die Grundeigentümer/innen bewirtschaftet, oder unter Umständen auch an externe Personen verpachtet wurden. Diese Reduktion des verfügbaren Pachtlandes führte dazu, dass sich der Anteil an Pachtland für viele Pächter/innen verringerte. Der Neuantritt der Pachtlandflächen erfolgte 1998.
Das historisch entstandene Wegnetz der Gemeinde Metzerlen-Mariastein wurde weitestgehend erhalten; bestehende Wege wurden allerdings verbessert, verbreitert und effizienter befahrbar gestaltet. Zwei Kilometer Wegnetz wurden neu gebaut, ausgeglichen wurde dies aber durch den Abriss von zwei Kilometer Wegstrecke, welche nicht mehr benötigt wurden. Das Ziel der Flurgenossenschaft – jede Parzelle durch einen Weg erreichbar zu machen – konnte mit Hilfe der baulichen Massnahmen gut erreicht werden.
Die wichtigste ökologische Aufwertungsmassnahme war neben der Erhaltung von Hecken- und Krautsäumen sowie der Vergrösserung von Feuchtgebieten und der Schaffung von Ausgleichsflächen die Renaturierung des Fichtenraingrabens. Sie wurde in zwei Baulosen realisiert und durch Pro Natura unterstützt. Sie trug dazu bei, dass der Bach auf einer Länge von 800 Meter wieder natürlich fliessen und einen wertvollen Lebensraum für Flora und Fauna bieten kann.
Kosten und Restkostenverteiler:
Die Kosten des Verfahrens sowie die erhaltenen Beiträge sind in folgender Abbildung aus dem Schlussbericht der Güterregulierung Metzerlen-Mariastein (PDF) ersichtlich.
Die Restkosten wurden entsprechend der Vor- und Nachteile für die Bewirtschafter/innen nach einem Verteiler übernommen. Berücksichtig wurden insbesondere die neuen Eigentums- und Bewirtschaftungsverhältnisse, die Grundstücksform, sowie die entsprechenden Erschliessungsverhältnisse.