Une comptabilité analytique complète a pour résultat final l'évaluation et l’imputation de tous les facteurs mis en œuvre et permet d'obtenir les coûts unitaires. A ce niveau, l’imputation des coûts communs pose problème. En effet, dans la plupart des exploitations agricoles, il est difficile d‘imputer clairement les coûts liés aux terres, aux bâtiments, aux machines et à la main-d'œuvre permanente, car il s'agit d'exploitations polyvalentes. C'est pourquoi la comptabilité agricole emploie généralement la comptabilité à marges brutes, qui prend en compte uniquement la partie des coûts pouvant être attribuée clairement à une prestation donnée (principe de causalité).